Cytoscape生物信息分析工具是一款便捷的廣泛的應用在生物信息學領域的軟件，Cytoscape生物信息分析工具能夠高效的幫助用戶們進行可視化的復雜生物分子交互分析，Cytoscape生物信息分析工具擁有便捷的數據導入、布局分析等等功能提供給你便捷的進行生物學研究的使用，方便的給你帶來很好的數據分析使用體驗，感興趣的用戶快來KK下載體驗吧~

Cytoscape生物信息分析工具亮點

Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來導航和查看網絡。ZUIs使用兩種導航機制:縮放和平移?？s放根據用戶想要看到的內容的多少或多少來增加或減少視圖的放大

節點和邊緣列數據

交互網絡作為獨立的模型是有用的。然而，當與其他信息結合在一起時，它們對于回答科學問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節點、邊緣和網絡信息作為節點/邊緣/網絡數據列添加到Cytoscape中

Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應用程序擴展。它們可以以各種方式擴展細Cytoscape。一個應用程序可以從在線數據庫導入數據。另一個應用程序可以提供一種分析網絡的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應用程序。大多數應用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發的。

如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細Cytoscape應用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應用。

Cytoscape生物信息分析工具特色

互操作性

由于Cytoscape支持導入/導出標準文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由igraph或Bioconductor生成的網絡數據，Cytoscape可以將該文件以文本表的形式加載，并以PSI-MI格式導出，供其他生物信息學工具或你自己的應用程序/腳本使用。

從3.3版本開始，Cytoscape支持RESTfulAPI的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創建網絡，應用布局，或圖像導出。

會話文件

你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數據文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話(.cys)文件。Cytoscape會話文件包括網絡、屬性(節點/邊緣/網絡)、桌面狀態(選擇/隱藏節點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態和可視化風格。

布局

在二維空間布局網絡。有多種布局算法可供選擇，包括循環、樹形、力導向、邊緣加權和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應用程序用戶界面的手動布局工具。

圖像導出

您可以將網絡導出為可發布的高質量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像(PDF和PS)可以通過其他應用程序(如Adobe**)進行修改，以進一步增強。

VizMapper

使用強大的VisualStyles自定義網絡數據顯示。在網絡上查看基因表達比和p值的疊加。表達數據可以根據用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節點顏色、標簽、邊界厚度或邊界顏色等。

篩選

過濾網絡，以根據當前數據選擇節點和/或相互作用的子集。例如，用戶可以根據基因表達數據加載的p值，選擇參與交互的閾值數量的節點、共享特定GO注釋的節點，或在一個或多個條件下基因表達水平發生顯著變化的節點。您可以從過濾結果中創建新的網絡。

檢索

從搜索窗口搜索目標節點和邊。Lucene語法支持任意復雜的查詢。

瀏覽

放大/縮小和平移瀏覽網絡。使用網絡管理器可以輕松組織多個網絡。而且這種結構可以保存在會話文件中。使用鳥瞰圖輕松瀏覽大型網絡。通過高效的渲染引擎輕松瀏覽大型網絡(100,000+節點和邊)。

查找模塊/集群

尋找活躍的子網絡/途徑模塊。根據基因表達數據對網絡進行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網絡，其基因表現出特別高的差異表達水平。每個子網絡中包含的相互作用為控制觀察到的表達變化的調控和信號傳導相互作用提供了假設。在任何加載到Cytoscape中的網絡中找到簇(高度相互連接的區域)。根據網絡的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質-蛋白質相互作用網絡中的簇已被證明是蛋白質復合物和途徑的一部分。蛋白質相似性網絡中的簇代表蛋白質家族。

應用管理器和應用商店

可用于網絡和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個用Java編寫的軟件，你可以通過編寫Java代碼來編寫自己的App進行數據分析、導入和可視化。更多的Apps可以在CytoscapeAppStore中找到。你可以在AppManager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從AppStore中安裝(這是Cytoscape3的一個功能)。

Cytoscape生物信息分析工具特點

Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來導航和查看網絡。ZUIs使用兩種導航機制:縮放和平移?？s放根據用戶想要看到的內容的多少或多少來增加或減少視圖的放大

節點和邊緣列數據

交互網絡作為獨立的模型是有用的。然而，當與其他信息結合在一起時，它們對于回答科學問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節點、邊緣和網絡信息作為節點/邊緣/網絡數據列添加到Cytoscape中

Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應用程序擴展。它們可以以各種方式擴展細Cytoscape。一個應用程序可以從在線數據庫導入數據。另一個應用程序可以提供一種分析網絡的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應用程序。大多數應用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發的。

如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細Cytoscape應用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應用。

使用說明

一、輸入文件

支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導出圖像，樣式可以做豐富的調整，智能的選擇過濾。

1、 edge文件格式：

tsv(制表符分隔的txt是一樣的)，csv(逗號分隔的)，xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節點，第三列是目標節點，第二列是兩者的相互作用關系，Cytoscape生物信息分析工具的作用關系標示了不同類型，在后面的網絡設置中大家可以看到它的妙處，而Cytoscape生物信息分析工具的source與target都是數字，怎樣轉換為我們想看到的基因名字呢，Cytoscape生物信息分析工具也是先留一個問題，后面解釋。

2、 node屬性文件

可以導入，可以用來解決我們上面的問題，將edge文件中的數字替換成可視化的簡單的基因名字。

二、導入數據

可以點擊上面的物種名字選擇一個實例來學習，也可以直接選擇空的network用來導入數據，例如我選擇了Arabidopsis，就出現了如下的界面，圖示的是一個已經做好的網絡的例子：

用戶界面

1、 導入數據

2、 導入屬性文件

3、 布局

三、高級功能

1、調整樣式

(1)基本樣式

(2)節點樣式

(3)邊樣式

2、改節點名稱

3、改邊的顏色

4、調控網絡各項指標統計

得到的結果會出現在一個新的面板當中：

5、改變節點大小

Cytoscape生物信息分析工具需要強調很重要的一點是，在對Cytoscape生物信息分析工具的改變節點大小進行操作之前，如果是想通過節點連接的邊的數量進行梯度設定的話，是必須要進行上面第四步的統計分析的，否則沒有Degree選項出現：

雙擊上面梯度設置的區域可以出來控制面板進行修改：

四、選擇過濾

1、節點的選擇

2、子網絡的選擇與分離

六、導出圖片

數據的導出可以是網絡文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對比圖標的形態，下圖所示的左側兩個是快速導入文件的圖標：

生物信息分析軟件(Cytoscape)

七、表達分析

Cytoscape還可以導入基因的表達值，將不同的表達值進行顏色的梯度展示，由于我的分析沒有這部分數據所以將網絡上學到的圖片做了幾個截圖：

八、其它

Cytoscape提供了很多外接的數據庫，右鍵點擊相應節點，出現的選項里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數據庫：

此外，基于大量功能強大的插件的開發，以下的功能也很全面：

GO分析：BiNGO

Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

模塊與復合物分析：jActiveModules+BiNGO